Dans le sous-sol de la nef de l'église se trouve une petite crypte dissimulée sous une dalle en béton coulée en 1940. L'escalier qui y conduit donne l'impression d'un escalier dérobé suite aux aménagements du 20e siècle. Comme cela est l'usage, la crypte de la chapelle des Cordeliers est située sous le choeur et la présence d'un autel en fait un type spécifique de chapelle. Elle est représentative de ces espaces aménagés dans le sous-sol des églises. Elle abritait probablement les reliques d'un saint. Dans le cas des Cordeliers il pourrait s'agir de reliques de saint François d'Assise.